siRNA是单链RNA干扰，通过结合mRNA，阻止蛋白的表达；shRNA其实是一类病毒，整合至基因组中进行基因干扰。因此siRNA和shRNA的最大区别就在于是否整合进入了基因组中以及转染有效性的长短。两者在转染效率上现在已经没有特定的差别。
通路阻断剂和siRNA之间的区别。有些实验会使用通路阻断剂，例如akt通路阻断剂LY294002，有些人也会使用siRNA来阻断Akt的激活。两者之间最大的区别在于阻断剂是影响蛋白的活性；而siRNA是直接降低蛋白的表达。因此，在细胞需要某些蛋白的时候，最佳的方式是使用阻断剂而不是用siRNA，因为蛋白表达下降很可能会造成额外的阳性结果出现。
siRNA和非编码RNA。siRNA不属于非编码RNA类型，是属于和mRNA具有互补作用的RNA单链。而非编码RNA是细胞内没有基因编辑功能的RNA总称。
siRNA可能会影响非编码RNA的稳定，而非编码RNA是无法通过siRNA进行抑制和下调的。
